La generación de soluciones orientadas a la convergencia de la economía a la bioeconomía es una de las líneas de trabajo por las que Neiker ha apostado, con proyectos para lograr una biorrefinería a base de algas o para obtener bioplásticos de uso agrario a partir de materiales residuales del sector primario.

En respuesta a la creciente inquietud en torno a la racionalización de medicamentos y fitosanitarios en el primer sector, Neiker también promueve investigaciones que contribuyan a optimizar su uso. La aplicación móvil para gestionar enfermedades en viñedo o el trabajo para disminuir la necesidad de fitosanitarios hasta un 50% para tratar las enfermedades más habituales de la vid, son algunos ejemplos.
Otra destacada línea de investigación está relacionada con la creación de herramientas de modelización y de tratamiento de datos predictivos y científicamente avanzados. Así, se ha desarrollado un software inteligente para el apoyo de estrategias sostenibles y toma de decisiones en la cadena productiva del pollo de carne o para la elaboración de escenarios climáticos para Euskadi. Finalmente, otro eje relevante para impulsar desde Neiker la innovación en el sector agroalimentario es la búsqueda de alternativas de cultivo para crear nuevos productos más naturales, saludables, sensorialmente mejorados y con arraigo local. La recuperación de variedades tradicionales de tomates del País Vasco o la activación de la cadena de valor de la cerveza de Euskadi son muestra de ello.