Las universidades vascas buscan también su lugar en el ecosistema emprendedor. Para ello, ofrecen diversos programas que potencian la actividad y cultura emprendedora, con el objetivo de alumbrar nuevas startups y empresas de alto potencial que hagan más competitivo el tejido empresarial vasco.
Ejemplo de ello es Deusto Emprende, la Unidad de Innovación y Emprendimiento de Deusto, que funciona como impulsora y altavoz del emprendimiento entre los diferentes colectivos que forman la comunidad universitaria y su entorno, formado este por empresas, instituciones públicas y privadas, agentes inversores y sociales. Entre sus actividades destaca la celebración anual de los Premios Banco Santander Semana Deusto Emprende que distinguen a estudiantes con ideas emprendedoras.
Dentro de esta unidad se hallan insertadas las incubadoras DeustoKabi (Bilbao) e Innogune (Donostia/San Sebastián), que acompañan a las personas que quieren emprender un proyecto empresarial. Actualmente, ambas cuentan con cerca de 50 iniciativas emprendedoras de todos los sectores.
Mondragon Unibertsitatea, por su parte, cuenta con Mondragon Team Academy (MTA), una comunidad emprendedora nacida de la Facultad de Empresariales y que engloba a personas emprendedoras y entidades. Estas participan activamente en programas de emprendimiento, cuyo eje central es la innovación. Pieza angular de este ecosistema lo constituye el grado universitario LEINN, enfocado al liderazgo emprendedor y la innovación y que aporta un modelo pedagógico disruptivo desde el punto de vista metodológico. De la mano de este grado se han creado 80 empresas, de las cuales 30 son startups.
Otra de las iniciativas impulsadas por Mondragon Uniber-tsitatea es Hirekin, centro de innovación y emprendimiento industrial, que verá en breve la luz en la localidad de Arrasate. Liderado por la Escuela Politécnica Superior de esta universidad, el nuevo equipamiento tendrá como pilares el emprendimiento industrial y tecnológico, la digitalización y la sostenibilidad, tanto en términos medioambientales, económicos, como sociales. La inversión del proyecto alcanzará cerca de ocho millones de euros.
Entre los proyectos que desarrollará el centro destaca la búsqueda de soluciones innovadoras dirigidas a reducir las emisiones en la industria actual, así como la promoción de nuevas actividades económicas alineadas con los objetivos medioambientales.

Deusto Emprende es impulsora, facilitadora y altavoz de la innovación y del emprendimiento entre los diferentes colectivos que forman la comunidad universitaria y su entorno

Aceleradoras de empresas
Junto al ámbito universitario, las empresas también apuestan por potenciar el ecosistema emprendedor vasco. Es el caso de 42 Urduliz, el campus gratuito de programación impulsado por la Fundación Telefónica y la Diputación Foral de Bizkaia. El centro ha recibido ya a más de 350 empresas interesadas en conocer su metodología innovadora del mundo. De la mano de acuerdos de colaboración con corporaciones como IBM o Amazon Web Services, ofrece la posibilidad de aprender tecnologías disruptivas como la computación cuántica.
CaixaBank organiza los Premios EmprendeXXI, galardones que este año han reconocido a la  startup Legit.Health, como la firma de base tecnológica vasca más innovadora. Destaca también el programa Perseo de Iberdrola, que ha generado un ecosistema de cerca de 3.000 empresas emprendedoras.