El sistema sanitario público tiene un peso específico en las actividades de I+D+i de Euskadi a través de la labor de sus Institutos de Investigación Sanitaria y otras entidades acreditadas como agentes de la Red Vasca de Ciencia, Tecnología e Innovación. Buscan dar respuesta a los objetivos planteados desde las estrategias sanitarias, con una fuerte apuesta por las terapias avanzadas y personalizadas. 

El Servicio Vasco de Salud- Osakidetza es el núcleo de la investigación del sistema sanitario público vasco, y desarrolla su actividad de investigación e innovación a lo largo de su extensa red asistencial. Ha promovido en su seno cuatro institutos de investigación como los principales ejecutores de la I+D+i sanitaria: uno por territorio (Bioaraba, Biocruces Bizkaia y Biodonostia) y el Instituto de Investigación en Servicios de Salud, Kronikgune, de ámbito comunitario.
El sistema sanitario de Euskadi se ha dotado de la Estrategia de Investigación e Innovación en Salud  como principal herramienta para mejorar el marco en el que se desarrolla la I+D+i y para aumentar el impacto de sus resultados. La nueva estrategia abordará la salud digital, la salud mental y el envejecimiento saludable y los dispositivos y tecnologías médicas. Además, se pretende dar un salto cualitativo hacia la excelencia a través de la coordinación de los citados institutos de investigación, la atracción de talento, la mejora de la financiación y una mayor presencia internacional.

Osakidetza está inmersa en más de 1.800 proyectos y ensayos clínicos

En la actualidad, el mapa de entidades sanitarias que realizan labores de I+D+i se ha sofisticado, y al mismo tiempo simplificado, mientras que han aumentado la interacción entre organizaciones, del sistema sanitario y externas a él, y los resultados relacionados con la generación y gestión de conocimiento. En la actualidad, alrededor de 3.000 personas investigadoras, de las cuales la mayor parte son del ámbito de la salud, compaginan la actividad asistencial con la investigadora en Euskadi. Este equipo de profesionales ha participado en el último año en más de 1.800 proyectos y ensayos clínicos, muchos de ellos internacionales, y en colaboración con más de 150 entidades, en su mayoría pymes vascas. Su  actividad abarca desde la investigación interdisciplinar a la I+D en oncología y neurología, pasando por las áreas de microbiología y enfermedades infecciosas, con especial relevancia en este último año con numerosos proyectos ligados al covid-19.

Medicina personalizada
Uno de los principales proyectos de investigación que se están desarrollando en Euskadi es la secuenciación genómica, mediante la cual se va a revolucionar la asistencia sanitaria y el tratamiento de enfermedades en lo que se denomina la medicina personalizada y de las terapias avanzadas, la investigación de la esclerosis múltiple y de otras enfermedades neurodegenerativas. Destacan, asimismo, los últimos avances en salud digital, para dar la mejor respuesta clínica a los diferentes tratamientos en pacientes oncológicos, en función de las distintas variables clínicas así como los progresos en envejecimiento saludable, donde se investiga, entre otros, la búsqueda de marcadores para la detección precoz de muchas enfermedades de deterioro cognitivo como el Alzheimer y otras demencias comunes en la vejez.