La Eurorregión destinará 400.00 euros a impulsar proyectos innovadores en seis sectores estratégicos y emergentes que convergen con las estrategias de especialización inteligente (RIS4) de los tres territorios que conforman la misma (Nueva Aquitania, Euskadi y Navarra). Bajo el lema ‘Cooperar para llegar más lejos’, la nueva convocatoria de proyectos Innovación Eurorregional estará abierta hasta el 17 de octubre, con el objetivo de contribuir al desarrollo de una economía eurorregional competitiva. 
Sanidad, fabricación avanzada, agricultura, energías renovables, construcción sostenible e industrias creativas y culturales son los sectores en los que la Eurorregión desea continuar profundizando en los resultados obtenidos hasta la fecha y a los que deberán ir dirigidos los proyectos que opten a las ayudas. Promover la puesta en marcha de proyectos tractores de colaboración que se basen en la complementariedad y las sinergias de los tres territorios es otra de las metas. 
Desde su creación en 2015, la convocatoria de proyectos Innovación Eurorregional ha apoyado 51 iniciativas con un importe total de 4,1 millones de euros. En 2023, siete de los 22 proyectos presentados por consorcios trilaterales de Nueva Aquitania, Euskadi y Navarra recibieron financiación.