El porcentaje de empresas de 10 y más empleados con innovación en 2013 fue del 37,6% en el conjunto de la Euskadi, destacando una mayor presencia en las comarcas guipuzcoanas, según datos elaborados por Eustat.
En concreto, en Gipuzkoa, cinco de sus siete comarcas superan el 40% de empresas de 10 o más empleados innovadoras en 2013: Alto Deba, con un 46,8%; Goierri, 43,6%; Tolosa, 42,3%; Donostialdea, 40,8%; y Bajo Deba, 40,2%. En Álava destaca la comarca Cantábrica Alavesa con el 39,3% de sus empresas de ese tamaño como innovadoras. Por último, en Bizkaia es el Duranguesado la que alcanza un mayor porcentaje, con el 40,3% de sus empresas haciendo innovación, y a continuación, pero ya por debajo del 40%, Encartaciones, 38,9%, y Plentzia-Mungia, con el 38,1%.

En cuanto a las comarcas con menor porcentaje, cabe citar a Rioja Alavesa (28,2%) en Álava; Bilbao (34,5%), Arratia-Nervión (34,9%) y Gernika Bermeo (35%) en Bizkaia; y el Bajo Bidasoa (35,5%), en Gipuzkoa.
Respecto a las capitales vascas, es Donostia la que se sitúa a la cabeza con un 42,6% de empresas innovadoras, quedando a más de siete puntos de diferencia Vitoria-Gasteiz, con un 35,4%, y Bilbao, con un 34,5% de empresas innovadoras de 10 o más empleados en 2013.