La consultoría de innovación intenta establecer una metología personalizada para cada empresa basándose en su estrategia y necesidades. Euskadi cuenta, en este sentido, con un buen número de firmas de consultoría especializadas en innovación con dilatada experiencia, equipos profesionales, una amplia oferta de servicios de alto valor añadido y, sobre todo, un firme compromiso con los procesos innovadores internos. Entre estas compañías se encuentran firmas como Bantec, Zabala, Carsa, OPE Consultores u Oteic.
Desde la iniciativa pública, el Gobierno vasco, Innobasque y SPRI ofrecen, a través del programa Hazinnova, ayuda a todas aquellas pymes que tengan el foco en la innovación a la hora de organizar el trabajo, o en la aplicación de nuevos métodos para comercializar servicios o productos. El servicio llega a 2.400 empresas vascas.