El Instituto de Investigación Sanitaria Biodonostia, primer instituto de investigación sanitaria de Euskadi, potencia de forma preferente la investigación traslacional enfocada al paciente, da cobertura a toda la investigación llevada a cabo en Gipuzkoa dentro del ámbito de Osakidetza y pretende mejorar la salud de los ciudadanos mediante su estructura colaborativa multi-institucional e interdisciplinar.
Su creación en el año 2008 contó con el compromiso de los investigadores, las entidades públicas y otros entes financiadores. Entre sus hitos se podría destacar la inauguración del renovado edificio en 2010 y su acreditación en 2011 como Instituto de Investigación Sanitaria por parte del Instituto de Salud Carlos III, logrando de este modo su incorporación a la élite de Institutos de Salud acreditados a nivel estatal.
La investigación está organizada en siete áreas temáticas que agrupan alrededor de 300 investigadores en 23 grupos. De cara a impulsar los avances científicos, el IIS Biodonostia ha logrado establecer una composición singular que la diferencia del resto de los Institutos, mediante la integración de los agentes tecnológicos más relevantes del territorio histórico de Gipuzkoa.
El núcleo de referencia es el Hospital Universitario Donostia, y también está integrada la Universidad del País Vasco, junto a la Diputación Foral de Gipuzkoa, la Fundación Euskampus y la Fundación Ikerbasque, gracias a la cual se ha logrado aumentar la masa crítica investigadora incorporando personal de gran renombre internacional.